経営業務管理責任者や専任技術者の経験年数が足りないのですが、何か方法はありますでしょうか？

その状態では、建設業許可を受けることはできません。経験を積み、要件をクリアするのを待つか、もしくはすぐに建設業許可を受けたいのであれば、要件を満たす人を取締役として招き入れるか、専任技術者を雇用する必要があります。
不正な手段で申請することは絶対にするべきではありません。

経営業務管理責任者に必要な経験年数は、個人での期間と法人での期間を合算することはできますか？

できます。

経営業務管理責任者と専任技術者は同一人物でもいいのでしょうか？

経営業務の管理責任者と専任技術者は同一人物でかまいません。
ただし勤務場所が同一の営業所であることが条件です。

経営業務管理責任者と専任技術者の住民票が勤務地から遠方であってもよろしいですか？

通勤圏内になければならず、借家の賃貸借契約書等の書類が必要になります。

現在個人で建設業許可を取得していますが、息子に許可を引き継がせることはできますか？

個人として取得しているわけですから、たとえ親子であっても新規に許可を取得する必要があります。

私が請負う仕事のほとんどが５００万円未満の工事です。許可を取ったほうがよいでしょうか？

あまり必要性を感じていないかもしれませんが、金融機関からの融資や元請けからの信用等を考慮した場合、
取得して不利になることはありませんので、取得することをお勧めします。

経営業務管理責任者や専任技術者の常勤の証明はどうするのですか？

常勤の証明は健康保険証等によってします。
建設業許可申請の時だけ名義貸しを受けるようなことはしてはいけません。
許可取得後も変更届や更新が必要になりますので、継続して経営業務の管理責任者や専任技術者がいないと建設業許可を失うことになります。
５００万円以上の工事を無許可業者として行った場合は、３年以下の懲役又は３００万円以下の罰金刑の対象となります（建設業法第４７条第１項第１号）。
また、５００万円以上の工事を無許可業者と下請締結した場合は、監督処分の対象となります（建設業法第２８条第１項第６号）。